ปัญหาที่เกิดขึ้นในตลาดสะพานปลาปัตตานีมีความซับซ้อนเพิ่มขึ้น โดยเฉพาะการที่ผู้ประกอบการต้องเผชิญกับการแข่งขันราคาจากการตัดราคาของผู้ที่จ้างคนไทยเป็นเจ้าของแพปลา นอกจากนี้ยังมีปัญหาเกี่ยวกับการให้เงินกู้นอกระบบและสินค้าจากต่างประเทศ เช่น สินค้าจากโรงเกลืออรัญประเทศที่ถูกนำมาขายในร้านค้าภายในพื้นที่ ซึ่งทำให้พ่อค้าแม่ค้าชาวไทยได้รับความยากลำบากในการทำธุรกิจ